Кержаков родился в Кингисеппе. Воспитанник сине-бело-голубых, он в 2004 году присоединился к дублю "Зенита" и неоднократно привлекался к работе с основой. На протяжении карьеры Кержаков выступал за "Спортакадемклуб", "Волгу", "Волгарь-Газпром", "Аланию", "Анжи" и "Оренбург".
В основном составе сине-бело-голубых Михаил Кержаков провел 138 матчей. Вместе с петербуржцами Кержаков стал семикратным чемпионом России, трижды выиграл Кубок и семь раз — Суперкубок страны.