Маргасов перешел в "Сочи" на правах аренды в последний день трансферного окна в феврале 2019-го года. Дебютировал за сочинскую команду 3 марта в выездном матче Футбольной национальной лиги против "Нижнего Новгорода". Всего в рамках ФНЛ провел за "Сочи" 14 матчей и помог команде завоевать серебряные медали и право выступать в РПЛ.
В первом для клуба сезоне РПЛ Маргасов провел 15 матчей и отметился одной голевой передачей. В августе 2020 года подписал с "Сочи" полноценное соглашение, окончательно став игроком "барсов".
За два следующих сезона в РПЛ защитник забил 2 мяча (в ворота "Локомотива" и "Рубина") и отдал 8 голевых передач. За это время "Сочи" завоевал серебряные медали чемпионата России и дебютировал в еврокубках. К слову, в Лиге конференций Маргасов провел все четыре матча и также отметился голевой передачей.
В минувшем сезоне Тимофей провел 25 матчей во всех турнирах и набрал по системе "гол+пас" три очка. Его мяч в ворота "Факела" в Кубке России помог "Сочи" выйти в плей-офф турнира.
Суммарно за команду Маргасов провел 146 матчей, забил 3 мяча, отдал 13 голевых передач, заработал 21 желтую карточку и провел 10118 минут на поле. Кроме того, защитник занимает второе место по количеству матчей за "Сочи" в истории, а также находится в тройке лучших ассистентов.